مرتضی آقاخان (زادهٔ ۱۶ فروردین ۱۳۷۲ - اسلامشهر) بازیکن فوتبال ایرانی است که برای باشگاه فوتبال استقلال تهران در لیگ برتر فوتبال ایران و در پست هافبک نفوذی و مهاجم بازی می‌کند.
وی همچنین سابقهٔ دعوت شدن به تیم ملی فوتبال امید ایران را در کارنامه دارد.
آقاخان محصول آکادمی تیم‌های استیل آذین، مس رفسنجان و پیکان است.
تیم های باشگاهی
مس رفسنجان
آقاخان در فصل ۲۰۱۳–۲۰۱۲ در لیگ برای تیم مس رفسنجان به میدان رفت.
پیکان
مرتضی آقاخان در دوران حضور در باشگاه پیکان یکی از بازیکنان تأثیرگذار این تیم بود و گل‌های به یاد ماندنی را در این تیم به ثمر رساند. وی در لیگ هفدهم از روی ضربه ایستگاهی و با ضربه‌ای زیبا و پر قدرت به تیم پرسپولیس گل زد؛ با گل او پیکان در آن بازی پیروز شد. در پایان آن فصل، تیم پیکان در لیگ برتر پنجم شد.
استقلال
در نخستین ساعات ۱۱ خرداد ۱۳۹۷، او با قراردادی سه ساله به استقلال تهران پیوست.
ملی
وی سابقهٔ دعوت شدن به تیم ملی فوتبال امید ایران را در کارنامه دارد.
افتخارات
پیکان تهرانقهرمانی در لیگ آزادگان ۹۵–۱۳۹۴ (صعود به لیگ برتر)
