به گزارش ایسنا به نقل از وب سایت رسمی "دانشگاه کالیفرنیا، ریورساید" (UCR)، در زمان همه گیری" کروناویروس سندروم حاد تنفسی ۲"( SARS- CoV- 2)، چندین گونه جدید و قابل انتقال دیگر از این ویروس ظاهر شده اند. آگاهی از این که جهش های خاص چگونه بر انتقال کروناویروس تأثیر می گذارند، میتواند به درک بهتر زیست شناسی ویروس و کنترل شیوع بیماری کمک کند.
"جان بارتون" (John Barton)، دانشیار فیزیک و نجوم دانشگاه کالیفرنیا، ریورساید گفت: به کارگیری روش های محاسباتی موجود برای مقادیر زیادی از داده ها ، دشوار است یا بر فرضیات بسیار محدودی تکیه دارد. آزمایش ها میتوانند اطلاعات بسیار خوبی را در مورد نحوه تأثیر جهش های مختلف بر ویروس ارائه دهند ولی نمی توان از آن ها برای بررسی مستقیم انتقال کروناویروس (Coronaviruses) سندروم حاد تنفسی ۲ در انسان استفاده کرد.
بارتون و همکارانش، یک روش محاسباتی جدید برای حل این مشکل ارائه داده اند که در آن از مدل های آماری ریاضی فیزیک برای همه گیرشناسی استفاده می شود. این روش به آن ها امکان می دهد تا داده های مربوط به توالی ژنوم کروناویروس را که به مرور زمان و از افراد آلوده ساکن بسياري از نواحی سراسر جهان جمع آوری شده اند، مورد بررسی قرار دهند و اثر جهش های گوناگون را بر انتقال کروناویروس پیدا کنند. این روش میتواند سابقه تکامل کروناویروس طی دوره همه گیری را به بهترین وجه توضیح دهد.
بارتون افزود: ویژگی جدید روش ما این است که می توان آن را در مورد سفر افراد آلوده بین مناطق بکار برد. سایر مدل ها قادر به انجام دادن این کار نیستند. نکته دیگر این که روش های مبتنی بر فیزیک به ما امکان می دهند تا یک عبارت ریاضی دقیق را برای اثر انتقال جهش های مختلف بنویسیم و برای تخمین زدن این پارامترها، بر شبيه سازي های عددی تکیه نداشته باشیم.
بارتون و همکارانش پس از تائید روش خود روی شبیه سازی ها، آنرا روی بیش از ۱.۶ میلیون توالی به دست آمده از پایگاه داده موسوم به "GISAID" اعمال کردند که از ۸۷ منطقه جغرافیایی جمع آوری شده بودند.
بارتون گفت: پژوهش های بسیاری روی جهش در پروتئین خوشه ای کروناویروس متمرکز شده اند و تجزیه و تحلیل های ما از تأکید بر نقش پروتئین خوشه ای بعنوان عامل اصلی انتقال کروناویروس پشتیبانی می کنند. حدود نیمی از تاثیرگذارترین جهش ها، در پروتئین خوشه ای رخ می دهند. با وجود این، ما جهش های متعددی را نیز در بیرون از پروتئین خوشه ای پیدا کردیم که به نظر میرسد انتقال ویروس را به شدت افزایش می دهند. بعضی از این جهش ها ممکن است اهداف خوبی برای آزمایش های آینده باشند تا نشان دهند که جهش های گوناگون چگونه بر عملکرد کروناویروس تأثیر می گذارند.
بارتون توضیح داد که روش آن ها به اندازه کافی حساس است تا بتواند فواید انتقال کروناویروس را برای جهش هایی که پیشتر خنثی در نظر گرفته می شدند، نشان دهد. همچنین، بارتون و گروهش میتوانند افزایش انتقال انواع اصلی مانند آلفا و دلتا را به سرعت و در عرض یک هفته پس از ظهور آن ها، در داده های منطقه ای تشخیص دهند. مجموعه داده هایی که این گروه پژوهشی هنگام نوشتن مقاله خود در نظر گرفتند، توالی های سویه اُمیکرون را در بر نداشت زیرا داده ها فقط تا ماه اوت ۲۰۲۱ جمع آوری شده بودند.
بارتون ادامه داد: با وجود این، حتی بدون مشاهده توالی های سویه اُمیکرون در داده ها، ما پیشتر تخمین زدیم که اُمیکرون براساس جهش هایی که با سایر سویه های کروناویروس مشترک هستند، ساده تر از سویه آلفا منتقل می شود. اگرچه ما در پژوهش خود بطور خاص بر کروناویروس سندروم حاد تنفسی ۲ تمرکز کرده ایم اما روش ما بسیار کلی است و میتوان از آن برای بررسی انتقال سایر عوامل بیماری زا مانند ویروس آنفلوانزا (Influenza) نیز استفاده کرد.
- 11
- 6
